Vous n'êtes probablement pas dans le bon répertoire lorsque vous passez l'appel.
Allez-y :
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"
ou spécifiez le chemin absolu du fichier d'entrée :
mysql -h localhost -u root -p [database name] < "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"