Configurez plusieurs "groupes de connexion" pour chaque serveur dans votre fichier de configuration database.php, puis dans le modèle :
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Voir des exemples dans :Connexion à plusieurs bases de données