Je vous recommande de mettre à jour workbench, j'avais le même problème uniquement lorsque j'utilisais mon mac, les tables étaient créées sans contraintes mais si vous exécutez le sql généré, il créera tout correctement, j'utilise mes fenêtres pour créer et cela a fonctionné parfaitement, puis après de nombreux tests, j'ai mis à jour la version de workbench sur mon mac et maintenant tout fonctionne parfaitement.