L'erreur est très clairement expliquée dans le message d'avertissement, il ignore votre my.cnf .
Essayez d'exécuter ce qui suit, puis de redémarrer le serveur
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Cela définira le propriétaire du fichier sur mysql et les autorisations 600 ne donnera qu'à l'utilisateur mysql accès en lecture et en écriture dans le fichier, il interdira l'accès à tous les autres utilisateurs.
