Demandez-leur de mettre les assemblys MySQL dans le GAC. Il s'agit d'un problème courant avec les bases de données tierces et Medium Trust.
J'ajouterai que vous allez devoir leur parler gentiment. Ils vont devoir faire confiance au logiciel qu'ils vont installer pour ne pas détruire leurs serveurs. Vous devrez donc expliquer qu'il s'agit d'un logiciel établi et leur donner l'URL du site.
L'autre option est de les amener à modifier légèrement l'état de la zone de confiance. Cela semble un peu plus suspect, mais cela n'implique pas de toucher le GAC.