Deux problèmes :
- l'espace entre -p et le mot de passe
- l'espace à l'intérieur du chemin vers l'exécutable
Préférez ceci :
runtime.exec(new String[]{"C:\\Program Files\\MySql\\MySql Server 5.5\\bin\\mysqldump", "-u", "root", "-pmyDatabase" "> D:\\backup.sql"});
Notez que si vous avez un problème avec runtime.exec, vous devriez regarder les flux que vous pouvez obtenir à partir du Processus . Ne pas regarder ces flux en cas d'erreur, c'est un peu comme ne pas regarder l'exception lorsqu'elle est lancée.