Si vous faites une table UPDATE LOW_PRIORITY table ...
vous vous assurerez qu'il n'exécutera votre mise à jour que lorsqu'il ne fera rien d'autre. De plus, je ne pense pas qu'il y ait beaucoup d'options dans MySQL.
De plus, cela cause-t-il des problèmes maintenant ou optimisez-vous simplement quelque chose qui n'est pas un problème ? Personnellement, si je faisais des mises à jour par lots comme celles-ci, j'insérerais simplement tous les identifiants dans memcached et utiliserais un cronjob pour mettre à jour toutes les 5 minutes.