Votre base de données a probablement été créée avec des paramètres régionaux différents.
Vérifiez \l+ dans psql sur les anciennes et les nouvelles versions. Ils auront des paramètres régionaux différents.
D'autres possibilités sont différents systèmes d'exploitation/versions. PostgreSQL utilise les règles locales de la libc, et certaines plates-formes (notamment Mac OS X) ont un peu une ... spéciale ... libc.
Sur 9.1.9 avec un en_AU.UTF-8 base de données fonctionnant sur Fedora 19, j'obtiens :
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)
