Puis-je joindre deux tables où la table jointe est triée par une certaine colonne ?

Vous recherchez le groupe par 'ayant ' clause, pas de sélections imbriquées !

SELECT tag.name, tag.id, COUNT(tag_map.tag_id) as cnt
  FROM tag 
 INNER JOIN tag_map 
    ON (tag.id = tag_map.tag_id)
 INNER JOIN image 
    ON tag_map.image_id = image.id
 INNER JOIN imagefile 
    on image.id = imagefile.image_id 
 WHERE imagefile.type = 'smallthumb'
 GROUP BY tag.name HAVING COUNT(tag_map.tag_id) > 0
 ORDER BY cnt DESC