Essayez de réduire considérablement la taille du cache des requêtes. 1G est probablement trop gros.
Commencez avec 16M ou 32M et ajustez le query_cache_limit en conséquence (256K ?) - et progressez au fur et à mesure que les performances de lecture augmentent sans atteindre "Attente du verrouillage du cache de requête" sur les écritures.
"Soyez prudent lorsque vous dimensionnez le cache de requêtes de manière excessive, ce qui augmente la surcharge nécessaire pour maintenir le cache, peut-être au-delà de l'avantage de l'activer. Les tailles en dizaines de mégaoctets sont généralement avantageuses. Les tailles en centaines de mégaoctets peuvent ne pas l'être."http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.6/fr/query-cache.html