Nous venons de rencontrer ce problème et avons réussi à trouver une solution qui a fonctionné pour nous. Il semble que Flyway utilise au moins deux connexions :une pour verrouiller la schema_version table, et une pour exécuter réellement les modifications. Ce problème se produit lorsque les modifications prennent suffisamment de temps pour que la connexion verrouille la schema_version table à l'expiration. Le moyen le plus simple de résoudre ce problème est d'augmenter le MySQL wait_timeout à quelque chose de relativement grand. Dans notre cas, nous l'avons défini sur 480 minutes (ou 28 800 secondes) :
set global wait_timeout=28800;
