Il s'agit simplement de mettre à jour la colonne correspondante.
Selon... hum... votre humeur (?) vous pourriez essayer :
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Ou
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Ou
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);