Comme les instructions préparées côté serveur sont désactivé par défaut de Connector/J 5.0.5 le , il y a de fortes chances que combiné avec l'introduction de fractional seconde prise en charge dans MySQL 5.6.4 ils causent votre problème.
Essayez d'ajouter useServerPrepStmts=false à votre chaîne de connexion (qui devrait également garantir que System.out.println imprime vraiment le SQL qui est exécuté et pas seulement une approximation).
