En plus des commentaires, j'ai trouvé une autre raison qui pourrait causer le problème, qu'aucun schéma n'est répertorié :
Je rencontre ce problème en essayant de me connecter à une autre base de données avec d'autres schémas qu'avant.
Allez dans Projet -> Propriétés -> JPA et désactivez/décochez Remplacer le schéma par défaut de la connexion
Si un schéma sélectionné n'existe pas dans la base de données sélectionnée, aucun schéma ne sera affiché lors de la création d'entités. Pour moi, le problème était qu'Eclipse essayait auparavant d'afficher un schéma de la base de données.
