Je viens de passer une heure sur ce même problème; Vous avez probablement fait la même erreur de frappe que moi.
Le problème pour moi était dans le .yml définition de schéma. Dans la section où j'ai défini les relations entre mes tables j'avais cette entité cible :
targetEntity: mlEmailNotif
au lieu de
targetEntity: MlEmailNotif
Ainsi, le 'm' minuscule oblige doctrine à créer un nouvel alias pour une nouvelle table (la comparaison php est sensible à la casse).
