J'ai réussi à vider le schéma intégré. Je l'ai obtenu à partir d'une page de conseils Amarok
libmysqld.dll permet d'utiliser mysql dans votre programme sans configurer de serveur ni charger de démon. De plus, il crée les mêmes fichiers que le serveur (répertoire mysql, répertoire de schéma et fichier ibdata1). J'ai donc mis ces fichiers dans un répertoire et dit au démon mysqld linux d'utiliser ce répertoire comme datadir :
mysqld_safe --user=mysql --datadir=/data/myEmbededDB --skip-grant-tables
--skip-grant-tables permettra de se connecter avec n'importe quel utilisateur ou mot de passe
Parce que le serveur pointe vers ce répertoire, je peux maintenant vider le schéma intégré avec mysqldump comme n'importe quel autre schéma mysql. Il en va de même si vous souhaitez utiliser WorkBench avec un schéma créé avec libmysqld.dll
J'espère que cela aidera d'autres utilisateurs confus de libmysqld.dll
:-)