Je suis d'accord avec cgwyllie, vous devriez écrire un service Web qui agira comme une API pour votre base de données avec des méthodes renvoyant JSON (ou XML).
Les méthodes de service Web peuvent ensuite être appelées à partir de votre projet PhoneGap (je recommanderais de jeter un œil à l'api jquery ajax http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
J'écrirais simplement le service Web en PHP ou dans n'importe quel langage que vous connaissez.