MySQL ne peut pas créer d'index de texte intégral (ou autre) sur plusieurs tables. L'utilisation d'un seul index est donc terminée.
Vous pouvez également :
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Utilisez un index sur chaque table et une jointure/union, le cas échéant, pour récupérer les lignes qui correspondent à vos besoins.
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Créez une table agrégée à laquelle appliquer l'index.
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Utilisez un outil tel que lucene ou solr pour fournir votre index de recherche. (Si vous optez pour n'importe quel type d'échelle, c'est probablement la meilleure option)
