Vous pourrez peut-être effectuer une sorte de synchronisation de données à l'aide de déclencheurs (si votre version de mysql les prend en charge). Ils vous permettent d'exécuter de petits extraits de code SQL à certains moments, par exemple après l'insertion ou la suppression de données dans une table.
Par exemple...
create trigger TRIGGER_NAME after insert on INNODB_TABLE
insert into MYISAM_TABLE select * from INNODB_TABLE
where id = last_insert_id();
... Chaque fois que des données sont insérées dans la table INNODB, les mêmes données sont automatiquement insérées dans la table MYISAM.