Il s'agissait probablement d'une corruption des données InnoDB. J'ai ajouté
innodb_force_recovery = 2
à my.ini, redémarré la base de données et j'ai pu vider toutes les données et les récupérer.
Soyez conscient de son utilisation, lisez la documentation avant : http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html
