C'est ce qui se passe avec une clé primaire composite qui intègre un auto_increment. Recréez la clé primaire pour qu'elle soit purement votre champ auto_increment (empId) puis créez un index unique sur companyId et empId
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Notez que cela ne s'applique qu'aux tables MyISAM et BDB. Si vous utilisiez InnoDB pour vos tables, cela fonctionnerait également comme vous le souhaitiez