Flask-Migrate ne lit pas dans la base de données pour voir les dépendances entre les objets. Vous pouvez réussir la migration en réorganisant drop_table dans votre fichier de migration.
Ce que vous pouvez faire, c'est modifier le fichier de migration comme suit :
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
Et puis exécutez la commande de mise à niveau. Normalement, commander la goutte dans cet ordre devrait résoudre le problème.