Je viens de recevoir une réponse de l'équipe de Fixie :
Quand j'ai posé des questions sur la possibilité d'utiliser SOCKS pour ce cas, ils ont répondu :
Donc apparemment, dans mon cas, il n'y a aucun moyen d'établir une connexion au cluster MongoDB Atlas en utilisant mongoose via la solution proxy proposée par Fixie (Heroku Add-on).