Je suppose que votre problème est qu'un seul document est mis à jour, n'est-ce pas ? Si tel est le cas, vous devez spécifier un autre paramètre dans le troisième paramètre (le paramètre options) pour la méthode de mise à jour :
multiple => true
Sinon, il ne mettra à jour que la première correspondance de votre requête. Voir la documentation de la méthode de mise à jour à :
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php