MySQL marque les enregistrements avec des doublons

C'est de mémoire et non testé. Comme vous n'avez pas dit quelle était l'erreur, je fais une supposition en faisant la même chose auparavant avec Mysql. Si l'erreur indique que vous ne pouvez pas mettre à jour et sélectionner dans la même table, vous devez ajouter un alias à la sélection. Sinon, je pense que vous devriez utiliser un IN, pas une jointure.

Pas testé mais devrait fonctionner

UPDATE `customers`
SET    `customers.working` = 'DUPL'
WHERE  customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
                                 FROM   (SELECT ordernumber
                                         FROM   `customers`
                                         GROUP  BY `ordernumber`
                                         HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);

Sur un mobile donc j'espère formaté ok et parenthèses dans le bon ordre etc :)