MySQL voit la sous-requête renvoyer un seul champ/ligne, et la traite donc comme quelque chose comme :
... and A.id IN ('1,2,3,4')
qui se résume à A.id = '1,2,3,4' .
Pour une requête 'in', il n'y a pas besoin du truc group_concat, faites simplement :
... and A.id IN (select B.id FROM b where user = 3)
