Regrouper en ne fonctionnant pas avec la somme de 2 champs

Le problème est que store avec l'id 1 a deux enregistrements correspondants dans store_sub table, ce qui signifie que qty apparaîtra deux fois pour le magasin 1. Vous devez additionner les 2 tables séparément dans des sous-requêtes et joindre les versions additionnées :

select t1.department, t1.sqty, t2.ssubqty
from
  (select department, sum(qty) as sqty from store group by department) t1
left join
  (select s2.department, s1.sum(sub_qty) as ssubqty
   from store_sub s1
   inner join store s2 on s1.parent_id=s2.id
   group by s2.department) t2 on t1.department=t2.department