Après un peu plus de recherche, j'ai trouvé le lien suivant qui suggère qu'il s'agit d'un bogue MySQL :https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Heureusement, désactiver supports_san_multi_rowcount aidé !
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Assez bon pour moi pour l'instant. Voici une autre ressource intéressante que j'ai trouvée en cours de route traitant de postgresql :">https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/delete-executed-twice-when-using
