Deux options à envisager :
1) le plus simple est d'inclure plusieurs lignes de valeurs sur un insert. C'est beaucoup plus rapide que de faire plusieurs indserts.
Au lieu de faire INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals )
, faites quelque chose comme INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals ), ( vals ), ( vals )
La quantité de lignes que vous pouvez insérer à la fois dépend de la taille de paquet maximale du serveur mysql, mais vous pouvez probablement faire 100, 1000, peut-être 10000 lignes en toute sécurité et cela devrait vous donner une augmentation des performances d'un ordre de grandeur ou plus.
Voir http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.5/en/insert-speed.html
2) CHARGER LE FICHIER DE DONNEES est un peu différent, nécessite plus de travail et a ses propres exigences, mais est très très rapide.