Par défaut, root n'a accès qu'à partir de l'hôte local, 127.0.0.1 &::1, vous devez spécifiquement autoriser l'accès à partir de 192.168.99.1 ou de n'importe où en utilisant '%' dans la configuration de l'utilisateur :voir ici http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/default- privilèges.html
