Beaucoup, beaucoup de choses peuvent causer cette erreur . D'après mon expérience, il s'agit généralement d'un fichier SQL de plus de 1 Mo, ou le délai d'attente dans vos serveurs my.cnf est défini très bas (soixante secondes) et doit être correctement réglé. Lors du déploiement de my.cnf, essayez un wait_timeout 86400 et un max_allowed_packet de "assez" pour importer ce fichier.
Par exemple :
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PS. Je ne recommanderais pas ce niveau élevé de paramètres dans la production réelle.