Vous ne savez pas pourquoi vous voulez le faire comme ça, il existe de meilleures façons, mais pour répondre à votre question, faites-le comme ceci :
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
et n'oubliez pas d'effacer les résultats, sinon vous ne pourrez pas effectuer d'autre requête, mais je ne pense pas que la suppression renverra un résultat.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
rappelez-vous également que si une requête échoue, toutes les autres ne s'exécuteront pas. donc pour déboguer, essayez d'abord d'exécuter chaque requête séparément et assurez-vous que tout fonctionne car il s'agit d'une instruction de suppression, sauvegardez votre base de données avant d'exécuter la requête et restaurez-la si nécessaire.