La seconde ne fonctionne pas, car vous utilisez trois espaces réservés dans la chaîne de requête et ne fournissez qu'une seule variable pour l'interpolation.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
De cette façon, le mécanisme de formatage de chaîne ne s'attend pas à ce que vous fournissiez 3 valeurs, car les signes de pourcentage sont "échappés" (honte à moi pour la première version de la réponse).