MySQL ne rend pas ce genre de requête facile, mais une solution (certes pas très jolie) consiste à utiliser une variable pour donner à chaque ligne un numéro de séquence par destination et à grouper simplement par le numéro de ligne entier divisé par 2 pour obtenir deux nombres dans chaque groupe ;
SELECT dest, GROUP_CONCAT(port ORDER BY rank) ports
FROM (
SELECT dest, port, (
CASE dest WHEN @curDest
THEN @curRow := @curRow + 1
ELSE @curRow := 1 AND @curDest := dest END) rank
FROM tb_port a
JOIN tb_rule c ON a.id = c.id_port
JOIN tb_dest b ON b.id = c.id_dest,
(SELECT @curRow := 0, @curDest := '') r
ORDER BY dest
) z
GROUP BY FLOOR(rank/2),dest
ORDER BY dest, MIN(rank)