J'ai trouvé que cela se produisait lorsque MySQL utilisait trop de RAM. Cette question et ce message les deux ont aidé avec un moyen de tester et une solution.
Pour moi, ajouter ceci à mon /etc/mysql/my.cnf
fichier a résolu le problème.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Voici comment j'ai décidé de la quantité de mémoire à allouer. Démarrez tout sauf MySQL et vérifiez la quantité de mémoire libre. Réglez votre tampon InnoDB sur 10 % de ce montant. Pour moi c'était 12M.