Cela dépend entièrement du type de votre site. Si vous construisez un petit projet avec juste l'interface web, restez avec vos appels mysql.
Si vous créez un site qui grandira et servira plus d'un service, par ex. une application Android/iPhone est déjà planifiée, créez l'API et laissez les deux applications l'utiliser. Les API sont idéales pour l'évolutivité et servent à de nombreux clients. Cependant, pour une représentation Web, par ex. pour votre dentiste local, c'est simplement une surcharge.
