Vous rencontrez des problèmes de délai d'attente et trop de connexions. Essayez de réduire votre wait_timeout et peut-être le interactive_timeout.
Je ne sais pas si vous utilisez PDO (recommandé par tous les messages que j'ai vus ici), mais essayez de rendre la connexion MySQL persistante afin qu'elle n'ait pas à ouvrir de nouvelles connexions à chaque mise à jour.
