La bibliothèque R mysql dépend de libmysqlclient/libmariadbclient. Le caching_sha2_password manquant semble être un indicateur qu'une ancienne version de mysqlclient ou un libmariadbclient n'est pas installé. Ce n'est que très récemment que caching_sha2_password a été ajouté à mariadb (3.0.8)
Une alternative, comme cette réponse , consiste à changer l'utilisateur dans mysql pour utiliser un mécanisme d'authentification différent :
Vous avez redéfini l'utilisateur sur mysql_native_password :
ALTER USER 'username'@'localhost'
IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password'
Pour en faire la valeur par défaut pour tous les utilisateurs nouvellement créés, modifiez le paramètre my.cnf/my.ini default_authentication_plugin=mysql_native_password
