De plus, le pilote mySQL JDBC a été peaufiné sur une longue période et comporte plusieurs ajustements d'optimisation, comme la mise en cache des métadonnées. Je serais surpris que les développeurs JDBC aient laissé beaucoup de surcharge TCP/IP dans le pilote.
Passer de JNI à l'implémentation basée sur C coûterait probablement plus cher en passant au code natif que ce que l'on peut gagner en réduisant la surcharge TCP/IP.
Si vous voulez vraiment réduire la surcharge TCP/IP, vous pouvez envisager d'utiliser une base de données intégrée comme sqlite, derby ou hypersonic.