Pour vous connecter via un port (et non le 3306 par défaut), utilisez :
mysqldump -u root -pmypassword -P 3308 dbname > out.sql
En plus de cela, un test simple pour voir si MySQL répond au port 3308 est d'essayer telneting :
telnet 127.0.0.1 3308
Si MySQL écoute sur le port 3308, il répondra avec une erreur et la version en cours d'exécution.