Mysql
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Mysql :variable inconnue, ne peut exécuter aucune application mysql, ne semble pas avoir de rapport avec my.cnf

en supposant que votre bon fichier de configuration est /etc/my.cnf (ce qui ne l'est peut-être pas), éditez votre fichier d'initialisation mysql et ajoutez --init-file /etc/my.cnf à la commande mysqld pour vous assurer qu'il est bien en train de lire à partir du fichier init que vous pensez lire.