MySql peut ignorer l'index s'il implique l'accès à plus de 30 % des lignes de la table. Vous pouvez essayer FORCE INDEX [index_name], il utilisera l'index dans tous les cas.
La valeur de sysvar_max_seeks_for_key affecte également si l'index est utilisé ou non :
-
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_max_seeks_for_key
Essayez de changer cette valeur en un nombre plus petit.
Rechercher des demandes similaires sur SO.