Navicat est capable de le faire pour vous. Il synchronisera également le schéma et/ou les données entre deux instances de base de données mysql. Je l'ai utilisé avec succès dans le passé.
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql/mysql_overview .html
Voici une capture d'écran de l'outil de synchronisation des données et de la structure :
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql /mysql_detail_mac.html#7
