La requête doit être comme ci-dessous, vous avez rejoint la même table et donc le problème de l'alias unique. J'ai ajouté un alias de table pour une meilleure lisibilité.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;