Essayez de créer une requête paramétrée
Je ne suis pas un gourou d'Hibernate mais cela pourrait fonctionner :
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :file INTO TABLE prod CHARACTER SET latin1 FIELDS TERMINATED BY ';' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES;")
.setString("file", "E:/uploaded/NumSerie/NS/NumSerie.txt")
.executeUpdate();