Sélectionnez les N premiers *groupes* en utilisant mysql

Faites-le plutôt comme une jointure :

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

Les jointures explicites fonctionnent souvent mieux que in dans le where clause.