MySQL sur une clé en double... obtenir un identifiant existant ?

Vous pouvez ajouter une troisième colonne ModifiedDate et utilisez ça :

insert into t(id, tag)
    select id, tag
    on duplicate key update ModifiedDate = now();

Cela garantira qu'une mise à jour se produit réellement et, à son tour, que LAST_INSERT_ID() renvoie une valeur.