Vous n'évitez pas les doublons et la pomme (ou une référence à la pomme) sera placée deux fois dans votre arbre sinon ce ne sera pas un arbre mais plutôt un graphe. Votre question est également applicable si vous construisez un... Swing JTree ou un arbre HTML;).
Le modèle d'ensemble imbriqué n'est qu'un moyen efficace de pousser et de parcourir une structure arborescente dans une base de données relationnelle. Ce n'est pas une structure de données elle-même. Il est plus populaire parmi les utilisateurs de MySQL car MySQL manque de fonctionnalités pour traiter les structures arborescentes (par exemple, comme celle fournie par Oracle).
Acclamations!
