Vous pouvez lire et écrire des fichiers avec les fonctions du système de fichiers , par exemple :
$data = <<<EOF
RewriteEngine on
RewriteRule …
EOF;
file_put_contents('.htaccess', $data);
Mais ce serait plus flexible si vous utilisiez une règle statique qui redirige les requêtes vers votre fichier PHP qui fait ensuite le reste.