La solution la plus simple (en fonction de vos besoins spécifiques) serait probablement d'ajouter un déclencheur de mise à jour/insertion/suppression à votre table, afin que vous puissiez effectuer une journalisation supplémentaire lorsque des données sont insérées/mises à jour/supprimées. De cette façon, même les interventions manuelles sur la base de données seront couvertes...
Vérifiez http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/fr/triggers.html pour plus d'informations.